국세청이 대웅제약을 대상으로 2일 전격적인 특별(비정기) 세무조사에 착수했다.

지난 2024년 고강도 세무조사로 약 400억원대의 세금을 추징당한 지 불과 2년 만에 또다시 기습 조사가 이루어지면서 업계가 긴장하고 있다.

사정당국 및 관련 업계에 따르면, 서울지방 국세청 조사 4국 조사관들은 지난 7월 2일 오전 경기 화성시에 위치한 대웅제약 사업장 등에 사전 통지 없이 전격 투입되어 세무 및 회계 관련 장부 확보에 나선 것으로 확인됐다.

이번 조사는 정기 세무조사와 달리 기업의 구체적인 탈루 혐의가 포착되었을 때 불시에 투입되는 ‘비정기 특별세무조사’ 성격이다.

국세청은 대웅제약의 회계 장부를 토대로 지급수수료, 판매촉진비, 광고선전비 등의 계정을 집중 분석하여 우회 리베이트 제공 여부 및 변칙적 비자금 조성 혐의를 강도 높게 들여다볼 방침이다.

업계에서는 이번 기습 조사의 배경으로 여러 복합적인 요인을 추정하고 있다.

우선 지난해(2025년) 7월과 9월 두 차례에 걸쳐 경기남부경찰청 형사기동대가 대웅제약 본사와 자회사 등 7곳 이상을 압수수색했던 사법 수사 자료가 국세청으로 공유되었을 가능성이 유력하게 꼽힌다.

여기에 대웅제약이 올해 3월 도입한 ‘5개 거점도매 독점 정책’을 둘러싸고 유통업계의 반발과 공정거래위원회 고발이 이어진 점, 그리고 거점도매정책을 시행한 3월이 포함된, 1분기 영업이익이 42.6% 급감한 반면, 오히려 판매관리비는 비정상적으로 치솟은 재무적 이상 징후 등도 이번 기습 세무조사를 당긴 원인으로 시장은 추정하고 있다.

대웅제약 세무조사 건이 알려지자 제약계는 대웅제약의 기습 세무조사의 이유를 찾으며, 불똥이 튈까 예의주시하고 있다. 세무조사 사유가 뭔지에 따라, 타 제약사로도 확산될 수도 있기 때문이다.

현재로서 시장 분석은 기존 리베이트건의 연장선 상이라는 추측과 더불어,지배회사터널링등 다양한 말들이 나오고 있다.

대웅제약 측은 국세청 조사관들이 방문한 사실을 인정하면서도 “조사에 들어간 구체적인 배경과 사유에 대해서는 현재 파악 중”이라며 조심스러운 입장을 밝힌 것으로 알려졌다.